Die Ernte der Bakterien nach der Fermentation erfolgt mit einem Separator. In der Pharma-Anlage steht dazu ein qualifizierter Düsenseparator zur Verfügung. Durch den Einsatz verschiedener Düsendurchmesser kann hier stammspezifisch eine optimale Aufkonzentration erzielt und damit die Ausbeute im Prozess hoch gehalten werden.

Sowohl die Rohrleitungen als auch der Separator sind CIP- und SIP-bar. Es wird ein 25- bis 30-facher Konzentrierungsfaktor erreicht. Die Abwässer werden chemisch und thermisch inaktiviert.