Das Prozessleitsystem (PLS) dient zur Prozessführung, Prozessüberwachung und Protokollierung. An dem zentralen PLS sind die Fermentationslinie, die Aufarbeitung (Gefriertrocknung, Wirbelschichttrocknung), alle Utilities und die Pilotanlage angeschlossen. Mehr als 25000 Datenpunkte werden von diesem komplexen System verarbeitet. Das Automationssystem wurde gemeinsam mit der Firma ISE (Industrial Software Engineering) entwickelt und programmiert. Das PLS ist in drei logische Einheiten unterteilt und läuft auf drei Hauptrechnern. Insgesamt 10 Viewstationen sind in der Anlage verteilt. PLS hinterlegte Rezepte gewährleisten die Reproduzierbarkeit der Prozesse.